ตอนที่ 3 ครับ คราวนี้ขบวนการเต่านินจาของเราเกิดไปเจอโคมไฟวิเศษที่นำพาพวกเขาย้อนเวลาไป ยังญี่ปุ่น ซึ่งก็พอดีที่นั่นกำลังเกิดสงครามอยู่เชียว ระหว่างเจ้าเมืองกับชาวบ้าน โดยผู้ที่อยู่เบื้องหลังสงครามนี้ก็คือ วอล์คเกอร์ (Stuart Wilson) นักล่าอาณานิคมผู้ชั่วร้าย ทำให้ 4 เต่าของเราต้องจัดการทลายสงครามและนำความสงบให้กลับคืนมา