วิลลี่ วาฬเพชฌฆาตขวัญใจผู้ชมกลับมาอีกครั้งครับ พร้อมเพื่อนเก่าอย่าง เจสซี่ (Jason James Richter) ที่ในภาคนี้อายุได้ 16 ปีแล้ว และเขาก็ทำงานเป็นทีมวิจัยเกี่ยวกับวาฬเพชฌฆาตร่วมกับแรนดอล์ฟ (August Schellenberg) เพื่อนต่างวัยชาวอินเดียนแดงที่คอยช่วยเหลือเขามาตลอด