3 นินจิ๋วจอมแสบกลับมาอีกครั้งครับ ร็อคกี้ (Sean Fox), โคลท์ (Max Elliott Slade) และ ทัมทัม (J. Evan Bonifant) ที่คราวนี้ต้องไปผจญภัยถึงญี่ปุ่นครับ เพื่อช่วยคุณตาผู้แสนน่ารัก โมริ ชินทาโร่ (Victor Wong) รับมือกับศัตรูตัวร้ายนามว่า โคก้า (Sab Shimono)